Одна из целей организации — завладеть хвостатыми демонами, девятью чудовищами, заточенными в телах людей. Один из них, Девятихвостый Лис, находится внутри Наруто. Сейчас они располагают семью из девяти демонов. Отряд Саскэ займется поимкой восьмихвостого, (впоследствии оказалось, что восьмихвостым они не обладают, как им кажется) а Акацуки девятихвостого демона.

Основная цель организации — захватить мир. Чтобы достичь этой цели, они следуют по чётко обозначенному плану, который состоит из трёх частей. Первая фаза — это собрать громадное количество денег, например, получать вознаграждение за поимку преступника на чёрном рынке. Вторая фаза — это создание группы наёмных ниндзя, не зависящих от какого-либо Селения или Страны (фактически конкурирующей со всеми). Соглашаясь на миссии за низкую плату, Акацуки резко увеличит свою репутацию. Затраты на это могут быть погашены за счет накопленных денег, в то время как другие селения ниндзя не смогут выдержать подобную конкуренцию. Третья фаза — это использование хвостатых демонов для развязывания и прекращения войн по собственному усмотрению, что поставит мелкие селения в зависимость от их организации. Лишённые сделок, другие селения ниндзя падут, оставляя Акацуки как единственную силу, которая на тот момент сможет с лёгкостью завоевать весь мир. Кроме того, в схватке с Дзирайей, Пэйн говорит, что истинной его целью является использование хвостатых зверей для создания абсолютного оружия, которое он раздаст всем, чтобы каждый познал ту же боль, что и он.