Формирование Команда Какаши

В поздних главах манги показывается повзрослевший и изменившийся Наруто (там ему уже 15 лет). Он стал гораздо серьёзнее, выше (раньше он был самым низким в отряде), сильнее, быстрее и даже умнее. Некоторые его качества всё же остаются такими же: он оказывается единственным из всех сверстников, кто остался на уровне гэнина — все остальные за два с половиной года, оставшихся за кадром, получили ранг тюнинов, а некоторые даже дзёнинов — Хюга Нэдзи, Канкуро, Тэмари — и кадзэкагэ — Гаара.

В 367-й главе манги в разговоре Дзирайи и Цунадэ раскрывается, что отцом Наруто был Четвёртый Хокагэ, а матерью — Кусина Удзумаки. По их словам, Наруто внешне похож на отца, но по характеру и стилю ниндзюцу напоминает мать. Впоследствии принимает участие вместе с другими синоби в повторной миссии по спасению Саскэ, а также разрабатывает (с помощью Какаси и Ямато) уникальную технику завершенного «расэнгана» — «Расенган-сюрикен», при помощи которого поражает одного из членов Акацуки — Какудзу. Во время повторной миссии по спасению Саскэ встречает Итати, который делится с ним своей силой, чтобы в случае нападения Саскэ на Коноху Наруто смог его остановить. После того как Наруто узнал о гибели Дзирайи и поняв что расшифровка его послания не говорит толком как победить Пейна он решает пойти тренироваться с Фукасаку к горе Мегобузан, чтобы стать сильнее, где когда-то тренировался Дзирайя, выучив все техники жабьего отшельника. После возвращения демонстрирует свою чрезвычайно возросшую силу, с легкостью уничтожая два тела Пэйна, и несколько призванных им животных. Жабы сказали, что он превзошёл все предыдущие поколения.